正当喀尔喀内讧不已时，卫拉特准噶尔部在噶尔丹领导下迅速崛起。17世纪20年代开始，沙俄势力扩张到贝加尔湖地区，到80年代时已渗透到喀尔喀部色楞格河流域。喀尔喀土谢图汗面对沙皇俄国的威胁，抽出相当的兵力加以抵抗。噶尔丹乘机派使俄罗斯，想利用俄罗斯势力打击喀尔喀土谢图汗，以便控制整个喀尔喀。清廷为了遏止俄罗斯的扩张势头，打乱噶尔丹同俄罗斯的合作，于康熙二十七年（1688年）派遣内大臣索额图，都统公国舅佟国纲，理藩院尚书阿尔尼等为首的代表团，越过喀尔喀左翼境，前往色楞格地区，拟同俄罗斯代表议定国界。代表团行至半路，便遇噶尔丹攻入喀尔喀。清朝代表团只好返回，康熙帝同俄国缔结边境条约的第一次努力遂告失败。面对来势猛的噶尔丹的进攻，清廷立即调整了边界上的兵力部署，并派安亲王岳乐，简亲王雅布驻防苏尼特汛界，一边搜集安抚溃逃之喀尔喀部众，一边防备噶尔丹的越界追击。由于噶尔丹军深入到喀尔喀车臣汗部地，清廷忙派大臣前往乌珠穆沁，巴林界，侦探噶尔丹消息，还派兵保护哲布尊丹巴呼图克图。当噶尔丹前锋抵达呼伦贝尔地方时，康熙皇帝命科尔沁土谢图亲王沙津、达尔罕亲王班第派兵一万在喀尔喀河备御。当土谢图汗在鄂罗会诺尔大败，独身越瀚海到达哲布尊丹巴处时，清廷慌忙派八旗及蒙古兵严守边汛，又调京师及大同宣府等处大军备御噶尔丹。同时又派使者到噶尔丹处探听虚实。但噶尔丹待清廷使者非常有礼，自陈理二，诉其始终，并要求同清朝贸易。康熙帝这时觉得噶尔丹“殊为恭顺，没有犯边之意，便命京师及大同兵马暂停起行”。噶尔丹又言：“我并无自外于中华皇帝、******喇嘛礼法之意”，并要求清廷阻止土谢图汗、哲布尊丹巴呼图克图入边。同年九月，土谢图汗、哲布尊丹巴呼图克图率所属向清廷正式提出降清。面对这种形式，清廷一方面遣使羁縻噶尔丹，并赐白金赈济厄鲁特部众，另一方面派尚书阿尔尼在边境地带安插喀尔喀部众，清点人口，拟定律例，加以管理，并开归化城仓米加以救济。
      清廷最初打算再次同达赖喇嘛一起进行调停。他们认为土谢图汗等背弃盟誓，杀札萨克图汗及得克得黑墨尔根阿海，又先犯厄鲁特，杀噶尔丹之弟多尔济札卜而挑起这场战争，过在土谢图汗等，所以“应遣敕于达赖喇嘛，命遣一有名大喇嘛同本朝所遣大臣前往召集噶尔丹、土谢图汗等，令土谢图汗等自陈其过，大集会阅，永议和好。清廷的这种态度就是为了稳住噶尔丹，防止他再次追击，同时以会盟议和来约束噶尔丹，暗示他无权乘机惩处、并吞另一方。到第二年（1689年）因土谢图汗难以接受亲身前往会盟的条件，清廷又改为遭使噶尔丹，申明土谢图汗兴兵之过；并让******喇嘛协同调解，以便得到噶尔丹的谅解，“使厄鲁特喀尔尽释前怨，仍前协和，各守地方，休兵罢战”。噶尔丹遂向清朝使者阿尔尼表明了他愿意和解之意，但坚持索要土谢图汗和哲布尊丹巴，并说：“达赖剌嘛所言之事若与圣上敕谕相同，我自无他说也”。达赖刺嘛使者善巴陵堪卜传达第巴之语，说：“达赖喇嘛令奏圣上，但擒土谢图汗、哲布尊丹巴呼图克图畀噶尔丹则有利于生灵，此两人身命我当保全之”，康熙帝认为这样会“偏于一家”，即使噶尔丹不得已而来归，“联亦当受而养之，使得其所”。清廷的和解努力便不了了之。
      为了集中力量解决准噶尔问题，清廷于1689年开始了同俄罗斯的边境谈判。康熙二十八年七月二十四（1689年8月27日），以议政大臣、领侍卫内大臣索额图，国舅佟国纲，管旗章京朗坦等在尼布楚地方代表清朝同俄国代表签订了清朝同俄国之间的第一个边界协定---《中俄尼布楚条约》，划定了中俄之间的东部边界。当清朝使团出发之际，康熙皇帝曾明确指示可以放弃以尼布楚为界的方案，改以额尔古纳河为界，清朝通过割让大片蒙古土地，换取了俄国在噶尔丹事件中的中立态度。俄国从清朝那里得到了如此丰厚的礼物，对噶尔丹便不再感兴趣了。清廷此举为以后的平定噶尔丹创造了条件，赢得了时间。
     到康熙二十九（1690）年初，清廷继续安插陆续归降之喀尔喀部众，又针对噶尔丹再次肆掠喀尔喀的动向派兵侦查，并加紧准备喀尔喀部众同内蒙四十九旗的会盟事宜。1689年秋，噶尔丹在科布多地方无法存活，遂使丹津温卜率一部兵力守卫科布多，自己率丹济拉、格垒沽英，奈冲鄂木卜等自科布多东向再次征伐喀尔喀。他们首先击败喀尔喀拖多额尔德尼台吉，到1690年三月时，已到克鲁伦河地带。然后顺流而下，往掠昆都伦博硕克图部众。噶尔丹还图谋同俄罗斯联兵往侵喀尔喀，以便彻底征服喀尔喀。俄罗斯却大耍两面派手法，骗取了噶尔丹的信任，实际上不派一兵一卒。
     清廷得到消息，立即向俄罗斯使人提出抗议并指出：“噶尔丹迫于内乱，食尽无归，内向行动。今乃扬言会汝兵，同侵喀尔喀。喀尔喀已归顺本朝，倘误信其言，是负信誓而开兵端也。当清朝使者质问俄罗斯派往噶尔丹使者时得到回答说：请（俄罗斯兵）则有之，允发（兵）则末也”俄罗斯使者始终跟随噶尔丹大本营，并亲眼观看了噶尔丹军队在乌尔会河战胜清军。
      噶尔丹军战胜昆都仑博硕克图后，继续深入，直到突入清朝边界。清廷只得推迟会盟，慌忙派尚书阿尔尼等率蒙古兵往乌珠穆沁，防备噶尔丹继续内侵，并要他相机行事。1690年六月二十一日，清军与噶尔丹军在乌珠穆沁乌尔会河大战。当时厄特鲁特兵二万余掠乌珠穆沁后顺水游牧。阿尔尼侦知，不待诸军会齐，即分兵二队，乘夜往袭。二十一日选二百名蒙古勇士攻之，并令五百名喀尔喀兵往取厄鲁特所掠人畜。未及战，诸部落及喀尔喀争取子女牲畜，阵动不能止，遂退。厄鲁特兵便分两翼，以优势火器击败清军密集队形，厄鲁特兵又从山上绕出，从侧翼猛击，清军遂大败。噶尔丹轻取阿尔尼兵后，有恃无恐，长驱直入，直到克什克腾旗境内乌兰布通地方。乌兰布通，距京师仅七百里，时“京师戒严”，引起清廷的慌乱。
      清廷为了一举消灭噶尔丹，遣使噶尔丹说“阿尔尼不请旨而击汝，非本朝意也”，想以此麻痹和稳住噶尔丹。同时急速调兵遣将，寻找战机。七月初二，康熙帝命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，以皇长子胤褆副之，组成一路大军出古北口；又命皇弟和硕裕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布等副之，组成另一路大军出喜峰口。内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明珠等均参赞军务。七月初六，二路十万大军先后出发。七月十四日康熙帝也启程北上，亲征噶尔丹。后由于身病，半路折回。清军分路前进，七月底抵达目的地巴林，并侦知噶尔丹兵集结地。噶尔丹发现大量清军前来，便派使者告曰：“我自入边秋毫无犯，皇帝亦惠我币帛敕书，甚大德也。今乃闻侍卫阿南达率兵及诸路军云集……夫执鼠之尾，尚噬其手，今虽临十万众，亦何惧之有”并提出：“圣上君南方，我长北方”的主张。公开同清廷分庭抗礼。为了争取时间完成对噶尔丹的包围，康熙帝竭尽全力加以羁縻，防止噶尔丹过早退逃。噶尔丹坚持索要土谢图汗和哲布尊丹巴，清廷便做出可以谈判的姿态，故意拖延时间，噶尔丹发觉清军意图，便集结于山林深堑，倚险结营，并诵经祭旗，准备同清军开战。七月二十九日（1690年9月2日）清军集结完毕，整列队伍，向乌兰布通噶尔丹军逼近。八月初一日（9月3日）黎明开始出击，两军大战于乌兰布通。噶尔丹军共二万余人，依山阻水，隔河据高岸，“缚驼结阵以待”，将大量骆驼横卧于地，上盖以湿毡，背上加箱架，以防清军炮火，并从驼阵中放***发矢，顽强抵抗。清军利用大量的火炮猛轰其“驼阵”，激战一下午，“驼阵”终被炮火轰开。噶尔丹兵遂退入山林，利用地形拼命抵抗。至晚，左翼军由山腰绕准噶尔军之后攻击，准军溃退。右翼军被河崖、沼泽阻挡，退回原地。尽管清军击退了准噶尔军，“斩杀甚多”，但本身也遭受了巨大的损失。内大臣、都统、火枪营统领、国舅佟国纲战死。由于昏夜地险，清军只好收兵。次曰，清军追击，噶尔丹据险坚拒，并遣使者来告“一二日内，济隆胡图克图即来讲礼修好”。初四日，济隆来言，噶尔丹误信伊拉古克三等人煽惑，深入汛界，部下抢掠人畜，皆大非理，并表示已没有追索土谢图汗之意。福全等建议暂停攻击，由使节往来讲解，等盛京、乌喇、科尔沁诸军会合时再齐行夹击。噶尔丹成功地延缓了清军的攻击，夜渡西拉沐伦河逃走。十五日，噶尔丹又怕被清军追击，发出请罪誓书，顶佛象发誓，保证再不犯边。福全没有把握有利战机追击噶尔丹，致使噶尔丹逃脱。噶尔丹第一次遭受清军重创，沿路又遭瘟疫，当他退回科布多时，仅剩几千人。
     乌兰布通战役，挫伤了噶尔丹的锐气，从而清朝边境得到安宁。清朝利用这个有利时机。将由于噶尔丹的第二次东征而搁置起来的喀尔喀、内蒙古会盟之事提到议事日程。1691年（康熙三十年）年初，定于清明前后青草发萌时会盟。康熙帝认为：“喀尔喀向来虽经进贡，但伊汗从未尝输诚来朝。而喀尔喀诸汗亲率所属数十万众倾心归附，一切行赏定罚安插抚绥关系甚大，所以联躬前往巡狩” 决定亲自主持会盟。喀尔喀诸部早被清廷分为八札萨克，这里以此为基础，依照内蒙四十九旗制度，将投降清朝的土谢汗图、哲布尊丹巴以下诸台吉部众编为旗队。车臣汗伊分登于1688年去世，其子吴默赫承袭。车臣汗属下部众也悉数编入旗队。四月末、五月初，理藩院定出喀尔喀汗、台吉定赏次弟以及坐位次。并详细规定了定阅礼议。五月初三，康熙帝驾临多伦诺尔，身着御甲，大阅军容。在众蒙古王公面前大肆炫耀军威，以此来震慑众蒙古。康熙帝宣布：“亦等如四十九旗，其名号亦皆如四十九旗例，以示联一视同仁之意”。土谢图汗、车臣汗皆留其汗号，因札萨克图汗被害，授其弟策旺札卜为和硕亲王。汗以下济农，诺颜等俱授为亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公，辅国公等爵位，六等爵位以下台吉也分为四等。最后颁布律例、赐土谢图汗，哲布尊丹巴呼图克图，札萨克图汗弟策旺札布车臣汗银两及其它物品，汗以下各王、贝勒、贝子、公、台吉等都得到了赏赐。此次盛大会盟延续到五月初七结束。以多伦诺尔会盟为标志，喀尔喀部最终并入清朝，成立清王朝的一部分。
     1692年（康熙三十一年）五月，理藩院题：“喀尔喀既与四十九旗同列，请照四十九旗例给与印信。将士谢图汗、车臣汗、亲王策旺札卜三部落分为三路：土谢图汗为北路喀尔喀，车臣汗为东路喀尔喀，亲王策旺札卜为西路喀尔喀。以土谢图汗管北路中军事，其余各札萨克分管北路右翼中、左翼中、中左、中右、中前、中后、左翼左、右翼左、左翼右、右翼右、左翼前、右翼后、左翼后、左翼下、右翼下军事，土谢图汗部被分成17旗。以车臣汗管东路中军事，加上以下各札萨克所管，共分为11旗。以亲王策旺札八管西路中军事，加上以下各札萨克所管，共分为8旗。俱授予印信，从而喀尔喀八札萨克增为36札萨克。
     1697年（康熙三十六年）噶尔丹败亡后，流离失所的喀尔喀部众全部近回原牧。
四、噶尔丹的失败
     如前所述，当喀尔喀部内讧爆发时，由于害怕强大的准噶尔汗图趁机吞并喀尔喀，清延曾想利用******喇嘛的影响说服喀尔喀左右翼团结和好，但由于土谢图汗不遵守信誓，穷兵黩武，从而使内讧变成内战，最终导致准噶尔和喀尔喀之间的战争。战争初期，清廷试图再次通过达赖喇嘛调停战事，但因噶尔丹顽固坚持索要土谢图汗，哲布尊丹巴，西藏第巴默认噶尔丹的要求而末获得成功。噶尔丹公然第二次东征以及侵入清朝边境，并提出“圣上君南方，我长北方”的主张，公开同清朝争夺漠北地区的霸权，面对这种形势。迫使清廷改变其蒙古政策—对喀尔喀蒙古加以怀柔、保护，对准噶尔噶尔丹则以大军进击。
     噶尔丹于1688年进攻喀尔喀，战胜了土谢图汗后便返回了科布多。当他于1688年夏到东征之际，留在故地的两个穆斯林苏尔坦叛变，被策旺阿赖布坦击败。从此以后准噶尔内部谣传四起，说还有人准备叛变。噶尔丹首先怀疑他的侄子策旺阿喇布坦。因为他有可能威胁他的地位，趁他不在时发动政变。他甚至于1688年秋天策划毒死策旺阿拉布坦之弟索诺木阿喇布坦。策旺阿喇布坦感到噶尔丹最终会消灭他，便于1689年春天同他的七个亲信一起，率五千人马叛离噶尔丹，噶尔丹亲率人马追赶，但未能制止。策旺阿喇布坦退回博尔他拉，并以此为基地，另立准噶尔中心，同噶尔丹开始了针锋相对的斗争。
     乌兰布通之战后，噶尔丹退兵科布多地区。由于策旺阿喇布坦占据了准噶尔的基地领地，使他失去了后方的支援，陷入极度的困窘之中。当时哈密地区尚在噶尔丹的控制下，他从那里得到粮食才渡过了寒冬。青海和硕特蒙古王公也援助过他。1691年春，他让属部在科布多地区开荒种植粮食，并发展畜牧及渔业生产。他同时到处搜罗散处各地的喀尔喀蒙古部众，并派人到清廷，请求清廷归还喀尔喀七旗部众，并同清朝进行贸易。他还在所派使团中掺入许多暗探，侦探清廷的动向，并鼓动蒙古王公反叛清朝。
     清朝为了彻底孤立噶尔丹，动员内蒙古各旗兵于协同清军坚守汛界，防止噶尔丹渗透，并派遣哨探入喀尔喀侦察噶尔丹动向；还试图截断噶尔丹同西藏及青海之间的联系；派遣使者到策旺阿喇布坦处，争取从准噶尔内部进行分化，联合其敌对势力以共同对付噶尔丹。鉴于噶尔丹同俄罗斯的关系，康熙帝便向俄罗斯施加压力，要求俄罗斯同清朝进行合作。1692年（康熙三十一年）伊拉古克三呼图克图叛清投往噶尔丹。因此噶尔丹在内蒙古的暗探纷纷落网。伊拉古克三呼图克图的徒弟卫征喇嘛以及其他喇嘛身份暴露被清廷处决，许多喇嘛从归化城发配盛京。尽管如此，噶尔丹还是不断派遣暗探到清朝，但大都被发觉处死。
     多伦诺尔会盟，使喀尔喀完全归附清朝，喀尔喀的命运掌握在清朝手中，噶尔丹再也没有力量改变这种状况。
     1692年，清朝使者马迪在出使策旺阿喇布坦途中被噶尔丹部下擒获并杀害。这一举动更加触怒了清廷，并使清廷下决心剿灭噶尔丹。
     但噶尔丹主力集中在科布多地区，清朝还没有做好长途大规模征战的准备，只有等待时机或将噶尔丹主力引向离边境较近的地区。1692年，噶尔丹派了一名叫吉尔哈郎格隆的的使者到清廷，妄图争取科尔沁沙津王叛清。康熙帝便让沙津王佯作内应，遣使到噶尔丹处，引诱噶尔丹兴兵东向。清朝加紧训练军队，配备大量的火器，准备马匹和粮食，积极备战。
     经过四年的休整，噶尔丹终于决定离开自己的根据地东进。1695年（康熙三十四年）他命令属下终止耕种、集结起来向克鲁伦河方向移牧。在克鲁伦河地区洗劫了车臣汗部那木济托音人畜。噶尔丹的东移是为了在喀尔喀地区确立自己的势力范围，也为了俘虏喀尔喀人众牲畜，取得资养，同清朝进行持久的斗争。据后来成为清朝俘虏的噶尔丹部下丹巴哈什哈说：“他懊悔自己深入到乌兰布通并同清军开战。他想，如果驻扎在克鲁伦和土拉近处，用语言和计谋去影响和策动喀尔喀和内蒙古的话，可以使清廷处于首尾不能相顾之境地。到那时我们就可以完成自己的大业。如果满洲听到而派少量军队前来，我们就同他们开战，如果大军前来，我们就退走把地盘让出去。当满洲退走时我们就可以蹑踪而上。这样不等几年，他们的军饷便会告罄而疲惫不堪。他这样想，并来到了这里”。除此之外俄罗斯承诺提供大炮和鸟***手到克鲁伦地方。同时沙津王对噶尔丹的诱骗，肯定也起了一定的作用。
      1695年初，清廷便得到消息，噶尔丹要离开科布多。康熙帝便命将军萨布素率盛京、乌拉和黑龙江兵驻扎索约尔济山。同年夏天康熙帝获悉噶尔丹查然率兵东向。他便命将军费扬古率军在归化城待命，到八月，康熙计划用大军消灭噶尔丹。进行这样大的军事行动，需要大量的马匹，清廷便从内蒙古四十九旗购置军马。并命甘肃、陕西清军前往宁夏集结。十月命大臣将军就消灭噶尔丹提建议。到十一月时，清廷便有了三路大军出击以及如何保障军需的详尽计划。当时大多数大臣、将军认为没有必要马上出击，唯将军费扬古赞同立即对噶尔丹采取军事行动。12月，费扬古奏言，鉴于噶尔丹在巴颜乌拉停留，需立即分兵出击。康熙帝便决定分兵三路突袭至土拉、克鲁伦河，士兵应携八十天口粮，剩下的将由挽车输送。根据康熙帝的命令，在全国范围内开始了大规模的战争准备。费扬古被任命为“抚远大将军”，负责西路军的行动。西路大军由三万多士兵组成，将由宁夏及归化城出发，在翁金河会合后向土拉河推进，以堵住噶尔丹西逃之路。中路大军由康熙帝亲自率领，由三万多士兵组成，由北京出发直接压向克鲁伦河。东路大军一万多人，由萨布素指挥，在克鲁伦河下游防止噶尔丹东窜。每个士兵应带一名马夫和四匹马，全军共计十万人马。为中路、西路大军的粮食运送，运员了大量的人力物力，光为中路大军造车五千多辆，征用牲畜二万多头。军粮的运输由专官负责，运送的路上又特别设置了驿站。
     当所有准备工作结束后，康熙三十五年二月三十日（1696年4月1日），康熙皇帝率领中路大军离开北京，开始了对呀尔丹的第二次亲征。中路军由独石口出关，经内蒙古苏尼特、阿巴嘎境，由达里岗嘎出境，直接朝克鲁伦河抵进。西路大军先后从宁夏、归化城出发，于三月十二日（4月14日）至汛界。并计划五月三日在翁金会合，五月二十四日抵土拉，然后东向于五月二十七日向达巴颜乌拉完成合击。
    中路军日行夜宿，日用一餐，穿越400里宽沙漠地带，关于五月九日于科图地方越过边界，较为顺利地接近了克鲁伦河。西路大军却遇到了极大的困难。西路军的行军路程要比中路军远，沿途无水，加上气候恶劣，使大量战马倒毙。宁夏军到达翁金时，几乎失去全部马匹，所携量粮食也所剩无几，因而没有按时抵达翁金。提督孙思克遂挑选了两千名士兵追赶费扬古军。西路军到杭爱山时，发现草场均被焚毁。所有这一切，严重影响了西路军的进军速度。
    当中路大军离开边界时，沙津王派往噶尔丹处的使者带来有俄罗斯六千名鸟***手助战，噶尔丹拥有两万人马的消息。这一消息使随行大臣、将军惊恐万分。忙谏皇帝领兵退回，让西路军攻打。康熙帝力排众议，坚持北上。这时西路军未能按时到达指定地点，中路军突出，已接近噶尔丹所在。中路军只得放慢速度，等待西路军，以便夹击 噶尔丹。
     自从噶尔丹的耳目被肃清以来，噶尔丹得不到任何有关清军动向的情报。当大军压境时，噶尔丹还蒙在鼓里。五月初一日，清军便进入突击地拖陵布喇克。经过几天的犹豫，康熙帝估计西路军已抵达土拉河，便决定中路军突进。为了减轻中路军的压力，还决定派人到噶尔丹军前，并释放被俘厄鲁特。通报大军的到来，以此威吓噶尔丹。初四日，清军使者完成了向噶尔丹递交皇帝敕书的使命，接着大军向前推进。噶尔丹侄子丹济拉获悉康熙帝亲率大军前来，大为震惊，慌忙通报噶尔丹。初七日，清军始进入战斗队列，康熙帝亲自骑马走在阵前。初八日，当清军抵达克鲁伦河时，厄鲁特人马早已逃走。噶尔丹得到消息后亲登高山，看到清军的阵容后才相信皇帝亲自率大军到来，便下令向西转移。噶尔丹人马遂舍弃帐幕、辎重，慌忙西向土拉，沿途互相抢掠，一片混乱。
    康熙帝看到噶尔丹军已向西逃跑，亲自率军追击。十二日(6月11日)，抵达拖讷山，见追赶不及，决定返回。他命内大臣马思喀为“平北大将军”，率轻骑继续追击。康熙帝的战略意图根本没有达到。西路军是否到达指定位置也不清楚，使康熙帝非常沮丧。十四日（6月13日）收到费扬古奏折，知道西路军到达指定地点，堵住了噶尔丹的退路。西路军一万四千人的到达，使康熙帝振作起来。
    噶尔丹当时兵力不足五千人。自从五月初七逃跑以来几天几夜未曾停留，又因天旱，从巴颜乌拉到土拉河几乎寸草不生，使噶尔丹人马极度困乏。鉴于清军的追击，噶尔丹曾想在拖讷山一带抵抗清军，但因军队无法控制而未能如愿。在额尔克木布尔嘎苏台筑驼城以拒清军时，获悉清西路军到来的消息。他决定避开强大的中路军，主动袭击西路军，然后向土拉河突围。十三日(6月12日)，噶尔丹的先头部队在昭莫多附近的特勒尔济口同费扬古指挥的西路军相遇，从而拉开了著名的昭莫多之战的序幕。
    清西路大军于十三日(6月12日)在特勒尔济地方发现厄鲁特军踪迹。费扬古遂派将军硕岱和阿南达吸引噶尔丹主力军至昭莫多。噶尔丹的先头部队由阿拉布坦、伊拉古克三呼图克图和辉特部照日格图巴图尔率领。他们遇到清军后马上投入战斗，清军佯败退走。噶尔丹想一鼓作气突围出去，便乘胜西进，结果却落人清西路大军三面包围之中。噶尔丹军到达昭莫多时，发现清军已占据了所有的制高点。清军也步战迎敌，并发大炮鸟***助战。清军以整齐的步伐和队列压向噶尔丹，并以盾牌护身，当距敌度仅20步左右时，  弓箭齐射。清军同时派一支兵力，包抄葛尔丹的后路，偷袭了随军老营及辎重。经过6个小时的激战，噶尔丹军终于支持不住，纷纷溃逃。清军追击，斩获甚众。共消灭噶尔丹军二千多人，噶尔丹妻子阿奴哈敦以及许多战将阵亡。噶尔丹率少数人马突围成功。昭莫多之战，噶尔丹主力丧失殆尽，从此一蹶不振。
    西路军获胜后，按康熙帝的指示循中路军路线、利用中路军的粮食，顺利返回归化城。中路军返回京师防地。康熙帝这一次亲征费时98天，行程四千里，消灭了噶尔丹的主力。
     昭莫多战后，噶尔丹逃到塔米尔河流域，纠集残部，企图坚持同清朝的斗争。丹津温布趁乱收罗了噶尔丹许多人畜，同噶尔丹反目离去。阿拉布坦不积极同噶尔丹合作，保持一定的距离。噶尔丹各路人马重新陷入混乱之中，他们没有帐幕，没有足够的马匹、给养，连******也快用完。西边有策旺阿喇布坦，西北方向丹津温布堵塞了噶尔丹同俄罗斯的联系通道。噶尔丹最后决定向清朝边界一带游击。伺机抢夺清军在翁金河畔的粮草，然后向哈密方向前进。七月间，他们慢慢向南朝翁金河而来，抢掠清军粮草未果。
     康熙帝为了彻底消来噶尔丹，于当年九月十九日（10月14日）亲自前往归化城，在归化城和鄂尔多斯地区，组织了一系列军事行动。首先派兵堵住了噶尔丹通过布隆吉尔到达青海、西藏的道路。另一方面安置厄鲁特部众，并派厄鲁特俘虏到噶尔丹处进行策反。
    噶尔丹走投无路，其部下纷纷要求投降清朝。噶尔丹迫于压力，只好派格垒沽英宰桑同康熙帝谈判，表示愿意投降。康熙帝遂令噶尔丹七十天内作出答复。
     七十天过后，噶尔丹丝毫没有投降的迹象。噶尔丹滞留在萨克萨河、图库里克河一带，苟延残喘。他派往西藏及青海的使者悉数被清军俘获，接着他的儿子色布腾巴勒珠尔于哈密地方被回回抓获后落入清军手中。康熙帝遂于康熙三十六年二月初六（1697年2月26日）亲自前往宁夏，组织对噶尔丹的合围。他派费扬古率一路兵马从和托里巴拉哈孙直插萨克萨图库里克，又派孙思克、博济率另一路兵马出嘉峪关至哈密，然后从哈密直指萨克萨图库里克。
    噶尔丹人马越来越少，手下宰桑大臣纷纷逃离降清。亲近宰桑力劝噶匀丹，噶尔丹至死不降。清廷派员外博什希、笔帖式常授随格垒沽英前往噶尔丹处。员外博什希是见到噶尔丹的最后使者。他于二月十四日（1697年3月6日）被引见噶尔丹，次日日落时分噶尔丹到来并坐岩上，在野外会见了这位清使。他让博什希远坐，使二人夹其膝而坐两旁，不准他靠近噶尔丹。噶尔丹同使者分食了野兽肉，然后迭相传语。使者传达了康熙谕旨，并要他投降时，噶尔丹只是敷衍道：“我之言已在疏内，我之意已语我使人。使人到日当口奏也”。语毕，即起，乘马而去，博什希只得返回帐中。噶尔丹使者格垒沽英看到噶尔丹毫无降意，便举家叛逃降清。
    噶尔丹处境一天天变坏，时常能听到南方传来的清军炮声，这更使他的人马惶惶不可终日。清廷使者走后，噶尔丹决定离开他的过冬之地萨克萨图库里克，前往额黑阿喇儿。康熙三十六年二月二十五日（1697年3月17日），噶尔丹启程，三月十三日（1697年4月4日），移营到科布多地区布颜图河畔之阿察阿穆塔台地方时，突然患病而死。其死因，在《朔漠方略》卷43中逃人杜拉儿称：“噶尔丹曾云：‘我向以折滚噶尔（即准噶尔之异音）为良善之国。不意无信如此’。怨恨数日，饭食俱废。于十二日头痛，召丹济拉前去，十二日午前身死”。噶尔丹死后，其侄子丹济拉等火化其遗体，并携其骨灰，领其女儿钟察海以及其他属下归降清朝。准噶尔阿喇布坦也在几年后归降清朝。丹津温布由于同噶尔丹合谋杀害了策旺阿喇布坦之弟索诺木阿喇布坦，然后同阿奴一起投奔噶尔丹，被策旺阿喇布坦关进监牢。伊拉古克三呼图克图和噶尔丹御医程贝藏布被策旺阿拉布坦引渡到清廷，伊拉古克同他的弟子在黄寺被凌迟处死，程贝藏布后来也被处死。
    准噶尔汗国的缔造者，一代枭雄噶尔丹就这样走完了他的不平凡的一生，终年仅五十三岁。随着噶尔丹的败亡，准噶尔与清朝之间的第一次战争遂告结束，清朝赢得了征服蒙古最后一大部落-漠西卫拉特的第一回合的胜利。
原创文章如转载，请注明：转载自坝上的云户外俱乐部【bashangdeyun.com】
本文原始链接地址：http://www.bashangdeyun.com