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（一）萨满教
　　蒙古族人原来大都信奉萨满教。凡遇有重大行事，都必需先向天祷告，请天护佑，所谓“每事必称天”。③蒙古语称天为“腾格里”。为了祈求天神的保护，他们总是叨念“托着长生天的气力”。④每有征战，则常常要取羊胛骨进行占卜，以断吉凶。若出师前听见雷声，便以为是上天发怒，发出叫声，不敢出兵。他们对萨满教的虔诚程度十分惊人，几乎贯穿于其社会生活的各个方面。“出帐南向，对日跪拜，奠酒于地，以酹天体五行；以木或毡制偶像。其名曰on-gon（翁干），悬于帐壁，对之礼拜。食时先以食献，以肉乳抹其口”⑤。还经常把每一头乳牛和母马第一次挤出的奶祭祀偶像。当屠宰动物时，则将其心放于杯子里供奉。有时甚至向这些偶像奉献马匹。凡被用于作供奉的马匹，“没有人敢骑”⑥。
　　他们相信，人死以后灵魂是不灭的，由于他们迷信鬼神，其对预卜、预言、巫术、咒语等都很注意。当其“从魔鬼那里得到回答时，他们相信，一个神正在同他们说话”。⑦他们对萨满教的信仰，有时几乎达到入迷程度。据说贵由皇后斡兀立海迷失，就是因为笃信其法教，竟将大部分时间“单独与珊蛮们在一起，沉溺于他们的胡言乱语中”⑧；蒙哥汗则热中于巫觋卜筮，“凡行事必谨叩之，殆无虚日”⑨。
（二）景教
　　除萨满教外，也有少数部落，如克烈、乃蛮、蔑儿乞、汪古等部崇奉景教。所谓“景教”，即基督教的聂思脱里派，蒙古称之为“也里可温”，意谓“上帝教”、或“信奉上帝的人”。①景教是在公元7世纪时传入中国的。后因唐武宗李炎禁佛，中原地区崇奉者遂日渐减少，而漠北地区则仍盛行不衰。如克烈部长王罕、拖雷妻唆鲁禾帖尼等，就是当时景教的忠实信徒。
（三）藏传佛教
　　13世纪中叶，忽必烈继为蒙古大汗后，因“崇尚释教”，②尊吐蕃萨迦派首领八思巴为帝师，藏传佛教在蒙古地区遂大流行，“虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜”，③崇信的人为数颇多。由于藏传佛教的发展，萨满教的影响便受到一定程度的削弱，这是不言而喻的。但从全面考察，萨迦派佛教主要是流行于统治阶级上层，而在广大游牧民中影响实际上并不大，故自14世纪以后，除瓦刺地区仍有少数萨迦派（又称红教派）喇嘛活动外，在各地从事宗教活动的大多数还是萨满教巫师。
　　岷峨山人《译语》记载，蒙古人称天为“腾格力（里），极知敬畏，每闻雷声，吭嗑走匿，瞑目屏息，若将击己。每举大事，必僭祭，率以汉人为牺牲”。④慎懋赏《四夷广记·鞑靼风俗》云：
　　“俗畏鬼神，信占卜事。袄神无祠庙，刻毡为形，盛于皮袋，行动之际，以脂苏涂之，或系于竿上，四时祭之。”“占卜休咎，必请巫或男或女至其家，或降神，或灼羊骨”。
　　16世纪中叶，藏传佛教格鲁派（又称黄帽教派、或黄教）传入蒙古，时因漠南蒙古土默特部俺答汗年老厌兵，欲效忽必烈与八思巴建立经教故事，率先皈依格鲁派，并于1578年（明万历六年）于青海仰华寺与西藏格鲁派首领三世达赖索南嘉措会晤，举行隆重入教仪式和互赠封号，俺答赠索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔■喇达赖喇嘛”，意谓索南嘉措是超凡入圣、学识渊博如大海的大师；索南嘉措授俺答为“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”称号，意谓俺答是聪明睿智的汗王。⑤就在这次法会上，与俺答一起授戒的达千余人，土默特部有千余人出家当喇嘛，俺答还答许于归化城立庙，以八宝装饰佛像；博硕克图济农（卜失兔）许将108函《甘珠尔经》用宝石金银装修，萨勒札勒彻辰岱青许建三世佛庙。
　　由于俺答的影响，其余各部也纷纷皈依格鲁派，察哈尔的阿穆岱洪台吉、喀尔喀阿巴岱汗都相继前往叩拜索南嘉措，向索南嘉措奉献金银、缎布、驼马、毛皮等物，迎请法教。索南嘉措为便于在蒙古各部中弘扬教法，派遣栋科尔胡图克图（又称文殊师利胡图克图。⑥据日本学者若松宽考证，他即是东科尔呼图克图三世甲巴嘉措）作为自己的代理人常驻于蒙古，并于临终时留下遗言，示将转世于俺答汗家族中。此后俺答曾孙便成为第四世达赖喇嘛云丹嘉措。
　　索南嘉措在蒙古地区的转世，有效地促进了格鲁派在蒙古地区的进一步传播。
　　1586年（万历十四年），阿巴岱汗于哈刺和林（即和林）建造额尔德尼昭（汉名光显寺），云丹嘉措派遣迈达理胡图克图前往布教。而察哈尔林丹汗为了推进教法的发展，则组织大批人力，将108函《甘珠尔经》译成蒙文。在东部蒙古各部封建主的影响下，17世纪初年，卫拉特蒙古和硕特部首领拜巴噶斯、图鲁拜琥、准噶尔部长哈喇忽刺、巴图尔珲台吉、杜尔伯特部长达赖台什、土尔扈特部长和鄂尔勒克等也纷纷宣布皈依格鲁派，并派出一个儿子出家当喇嘛。卫拉特蒙古著名宗教活动家咱雅班第达，就是在此时走上僧侣生活道路的。①
　　由于格鲁派在蒙古各部的广泛传播，1640年（明崇祯十三年），喀尔喀和卫拉特蒙古各部举行会盟时，格鲁派被正式确定为蒙古统治宗教，并宣布禁止萨满教。凡反对喇嘛教、崇信萨满教的都要受到严厉惩处。②
　　藏传佛教格鲁派的传入，对蒙古政治、经济、文化、社会习俗等诸方面都有巨大影响，从此，人们的思想、行动以至文学、史学、艺术等诸方面，无不被打上藏传佛教的烙印。肖大亨《夷俗记》：“夷俗……颇尚佛教，其幕中居恒祀一佛像，饮食必祭，出入必拜，富者每特庙祀之。请僧诵经，捧香瞻拜，无日不然也。所得市银，皆以铸佛铸浮屠。”